Θεολογία

Η συλλογή της Θεολογίας περιέχει χίλιες περίπου εκδόσεις της Βίβλου, ως επί το πλείστον ελληνικές, πλήρη σειρά των λειτουργικών βιβλίων της Ορθόδοξης Εκκλησίας,  αντιπροσωπευτικά δείγματα της λειτουργίας άλλων ανατολικών εκκλησιών, καθώς και της δυτικής εκκλησίας. Τα Πρακτικά των Συνόδων, τους Κανόνες και τις Κατηχήσεις ακολουθούν οι Έλληνες εκκλησιαστικοί Πατέρες (από τον 1ο ως το 15ο αιώνα) και θεολόγοι των υστερότερων χρόνων, βιβλία για την ιστορία των εκκλησιών, τα σχίσματα και τις θρησκευτικές διαμάχες και στα νεώτερα χρόνια για τις προσπάθειες που καταβάλλονταν για την ένωση των Εκκλησιών. Η ιουδαϊκή θρησκεία, η ισλαμική, καθώς και άλλα θρησκευτικά δόγματα συμπληρώνουν τον πλούτο της συλλογής.

Πλήθος σπάνιων πρώτων εκδόσεων της Βίβλου φυλάσσονται στη Γεννάδειο: το Ψαλτήριο, σε ελληνικά και λατινικά, που τυπώθηκε στο Μιλάνο το 1481· το ελληνικό Ψαλτήριο, έκδοση του ΄Αλδου Μανούτιου, που τυπώθηκε γύρω στα 1496· η Καινή Διαθήκη σε ελληνικά και λατινικά, που επιμελήθηκε ο Έρασμος και τύπωσε ο Frobin (Βασιλεία, 1516)· και ολόκληρη η Βίβλος, στα ελληνικά, που τυπώθηκε στο τυπογραφείο του ΄Αλδου Μανούτιου το 1518. Η μετάφραση της Καινής Διαθήκης σε δημοτική γλώσσα τυπώθηκε στη Γενεύη το 1636, με παρακίνηση του Πατριάρχη της Κωνσταντινουπόλεως Κύριλλου Λούκαρη, ο οποίος στραγγαλίστηκε την ίδια χρονιά.

Σήμερα προστίθενται βιβλία σχετικά με την ιστορία του Χριστιανισμού, την Ελληνική Ορθόδοξη Εκκλησία, σχολιασμούς της Βίβλου, κ.λπ.