Χειρόγραφα
Η εξαιρετική συλλογή χειρογράφων της Γενναδείου Βιβλιοθήκης περιλαμβάνει περίπου 400 κώδικες που συγκεντρώθηκαν από τον ιδρυτή Ιωάννη Γεννάδιο και συγκροτεί ένα μοναδικό ιστορικό αποθετήριο χειρογράφων στην Ελλάδα. Σημαντικές ιδιωτικές συλλογές δωρήθηκαν στη Βιβλιοθήκη μετά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο όπως τα χειρόγραφα της Ελένης Σταθάτου, η συλλογή του Δαμιανού Κυριαζή και η συλλογή του Αναστάση Κανελλόπουλου, ενώ άλλες συλλογές αγοράστηκαν (π.χ. τα χειρόγραφα των Βολίδη και Μαρτάκου). Μεταγενέστερες προσκτήσεις αφορούν σε ένα σημαντικό αριθμό καραμανλίδικων χειρογράφων, ενώ δωρεές συνεχίζουν να εμπλουτίζουν τις συλλογές της.
Τα χειρόγραφα κυμαίνονται χρονολογικά από τον 12ο έως το 19ο αιώνα και το περιεχόμενο τους είναι ποικίλο. Υπάρχουν θεολογικά, λειτουργικά, φιλολογικά, ιστορικά, γεωγραφικά, αρχαιολογικά και μουσικά χειρόγραφα. Η συλλογή της Γενναδείου απεικονίζει, όπως καμία άλλη, τη σημασία της παράδοσης των χειρογράφων στη διατήρηση της συνέχειας της ιστορίας της ελληνικής κληρονομιάς κατά τη διάρκεια των αιώνων.
Ψηφιοποιημένα χειρόγραφα
MSS 39. Σύμμεικτο με ελληνικά και λατινικά κείμενα. 15ος – 16ος αιώνας
MSS 45. Σύμμεικτο με αστρολογικά κείμενα και Αριστοτέλους περί Ποιητικής, Λογικής και των Φυσικών. 16ος -17ος αιώνας
MSS 1.5. Τετραευάγγελο. Καππαδοκία, 1226
MSS 259. Τετραευάγγελο. 12ος αιώνας
MSS 1.8. Πραξαπόστολος.13ος αιώνας
MSS 1.6. Τετραευάγγελο. 1315
MSS K 20. Τετραευάγγελο. 13ος -14ος αιώνας
MSS 266. Τετραευάγγελο. 16ος αιώνας